新型冠状病毒的传染性如何?

新型冠状病毒的传染性如何?

昨天看到一篇博客,关于计算新型冠状病毒的 R0(基本传染数) 的,感觉很有意思,于是就想复现一遍,原文在这里:Epidemiology: How contagious is Novel Coronavirus (2019-nCoV)?

注意:本文中所有的计算结果仅供演示,请勿作为专业的研究结果。

从新浪新闻提供的数据接口爬取数据

新浪新闻提供的接口在这里:https://interface.sina.cn/news/wap/fymap2020_data.d.json 是个 json 格式的数据,我们可以使用 jsonlite 包处理:

代码去哪了?

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新型冠状病毒肺炎的省份分布

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前面的地图画的太多了,这里就不画地图了🥱。

新型冠状病毒肺炎的城市分布

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同样我也不再画市级的地图了,大家可以自行尝试下。

新型冠状病毒肺炎在国外的分布

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我们再绘制一幅世界地图

代码如下:

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历史数据

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可以绘制一幅折线图展示这一数据:

绘制代码如下:

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我们可以把确诊人数单独拿出来观察:

代码如下:

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SIR 模型

计算最新的 R0

关于 SIR 模型我就不班门弄斧地讲解了,大家有兴趣地可以阅读原文,下面我们根据原文提供的代码计算 R0,为了得到更准确的计算,我们从第六个观测值开始计算(前五个都是 41):

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这个图的绘制代码为:

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根据模型拟合结果就可以计算 R0 了:

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可以看到根据这个模型,使用最新数据计算的 R0 是 2.03。

如果接下来任由病毒的传播,那么最大感染人数:

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最大感染人数为 2.2 亿(将在 51 天的时候达到,从 1 月 16 号开始,也就是 3 月 7 号)!如果按照 2% 的死亡率,将会造成 443 万人的丧生!

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观察 R0 的变化趋势

当然这里计算的一切都不可能发生,从数据来看最近的 R0 正在快速的下降,我们可以看一下前几天的数据计算的结果:

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绘图展示:

绘图代码:

可以使用 latex2exp 包方便地在绘图中使用 LaTeX 公式:

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知识星球附件链接:https://t.zsxq.com/MVZn2BY

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